流经电子除垢器的水在微弱电流作用下，水分子的电子被激活，使之处于高能位状态。由于电子能位上升，水分子电位下降，使水中溶解盐类的离子或带电粒子因静电引力减弱而不能相互集聚或产生化学结合，而分散于水中不致粘附或集聚于器壁，从而防止了器壁结垢，以达到防垢的目的。对于已结垢的系统，由于水中有大量被激活的电子，它们将破坏垢的分子结构，使之变得疏松、龟裂、逐渐溶解和自行脱落，直至清除，因些又具有除垢效果。由于水分子中电子被激活，很容易被O2吸收生成O2和H2O2等物质，这些物质具有很强的氧化功能，使微生物细胞膜过氧化、破裂，原生质流出而死亡，达到杀菌灭藻的作用。